5 Révélations sur le fonctionnement interne des CPTS

Les Communautés Professionnelles Territoriales de Santé (CPTS) occupent une place de plus en plus centrale dans le paysage de la santé en France. Véritables piliers de l’organisation des soins de proximité, leur nom est désormais familier pour beaucoup.

Cependant, au-delà de l’acronyme, leur fonctionnement interne, et plus particulièrement leurs mécanismes financiers et organisationnels, reste souvent une boîte noire. Comment sont-elles financées ? De quels budgets disposent-elles ? Comment les professionnels de santé y sont-ils réellement impliqués ?

Cet article se propose d’analyser les mécanismes structurels des CPTS pour révéler 5 aspects surprenants, basés sur une analyse détaillée de leur cadre réglementaire.

1. Le financement : un mécanisme complexe, pas une simple subvention

Le principal levier financier des CPTS provient de l’Accord Conventionnel Interprofessionnel (ACI), un cadre national signé le 20 juin 2019. Ce financement est structuré en deux volets distincts : une part fixe, destinée à doter la structure de moyens, et une part variable, calculée selon l’atteinte des objectifs fixés dans le contrat.

Mais le point le plus contre-intuitif réside dans sa qualification juridique. Bien que versé par l’Assurance Maladie, ce financement n’est pas une subvention publique, une analyse confirmée par la Compagnie Nationale des Commissaires aux Comptes (CNCC).

Cette distinction est fondamentale : elle s’explique par le fait que le financement ACI n’est pas une aide unilatérale, mais la contrepartie de la réalisation de missions de service public précises, définies dans le contrat. Ce statut positionne la CPTS non pas comme une bénéficiaire d’aide, mais comme une entité professionnelle engagée dans une relation contractuelle, avec des obligations de performance et de comptabilité analytique qui en découlent.

Tableau récapitulatif de la détermination du financement annuel ACI-CPTS pour chaque structure

(Source : tableau réalisé par l’Assurance Maladie, article 6 de l’ACI-CPTS, mise à jour du 9 avril 2025.)

2. Des budgets annuels qui peuvent atteindre plus d’un demi-million d’euros

Le montant du financement alloué à une CPTS n’est pas anodin et dépend directement de la taille de la population qu’elle couvre. Le système définit quatre tailles de communautés, allant des territoires de moins de 40 000 habitants à ceux de plus de 175 000 habitants.

En conséquence, les budgets annuels sont significatifs et témoignent de l’ambition du dispositif. Selon le tableau de financement de l’ACI, le montant total possible varie de 287 500 € pour une communauté de taille 1 à 580 000 € pour une communauté de taille 4. Ces montants importants permettent de financer des actions concrètes et variées, comme l’amélioration de l’accès aux soins, le déploiement de programmes de prévention ou la gestion des crises sanitaires.

3. Rémunérer les professionnels impliqués : un véritable enjeu de gouvernance

Le décret du 16 mars 2022 a posé un cadre pour rémunérer les professionnels de santé s’investissant dans la gouvernance de la CPTS (en tant qu’administrateur, membre du bureau, etc.), reconnaissant ainsi le temps consacré à ces missions de service public. Ce cadre laisse toutefois une question opérationnelle majeure en suspens, car des incertitudes dans l’indemnisation demeurent.

Le cœur du problème est que se pose ainsi la question de la détermination d’un taux horaire individualisé. La difficulté réside dans l’hétérogénéité des profils impliqués : comment définir une compensation équitable entre un médecin généraliste, un pharmacien, une infirmière ou un administrateur, dont les coûts d’opportunité et les modèles de revenus diffèrent radicalement ? Cet enjeu de gouvernance interne est d’autant plus sensible que la somme totale des indemnités qu’une personne peut percevoir ne peut excéder la valeur annuelle du plafond de la Sécurité sociale.

4. Le coordinateur : le véritable chef d’orchestre de la CPTS

Au cœur du réacteur de chaque CPTS se trouve une personne clé : le coordinateur. Loin d’être un simple support administratif, il est le véritable chef d’orchestre qui assure la cohésion et l’efficacité de la structure. Ses missions principales sont multiples :

• Animer le réseau des professionnels de santé.
• Assurer la gestion et le suivi des missions.
• Gérer les relations extérieures.
• Participer à la gestion administrative et financière de la CPTS.

Ce rôle est si crucial qu’il est fortement recommandé d’établir une fiche de poste extrêmement précise. Cette précaution vise à éviter toute ambiguïté sur les responsabilités et souligne le caractère hautement managérial de cette fonction. La professionnalisation de ce poste est d’ailleurs en marche, comme en témoigne le fait que l’EHESP (École des hautes études en santé publique) propose un diplôme spécifiquement destiné aux coordinateurs de regroupements pluriprofessionnels de soins primaires.

5. Une croissance explosive : un déploiement national massif

Les CPTS ne sont pas un épiphénomène. Leur déploiement sur le territoire national a connu une croissance spectaculaire. Les chiffres publiés par la Fédération nationale des communautés professionnelles territoriales de santé (FNCPTS) à la mi-juin 2024 parlent d’eux-mêmes :

• 567 CPTS ont déjà signé le contrat ACI avec l’Assurance Maladie.
• 91 sont en phase de préprojet.
• 138 ont un projet de santé validé et sont en phase de négociation de l’ACI.
• Au total, la couverture des CPTS en France atteint déjà 40 millions d’habitants.

Cette expansion massive démontre que les CPTS ne sont plus une simple expérimentation, mais bien un pilier majeur sur lequel s’appuie la réorganisation des soins de proximité dans toute la France.

Ces cinq aspects dressent un portrait cohérent : celui de la professionnalisation accélérée de la coordination des soins de proximité en France. Du modèle de financement contractuel aux budgets conséquents, en passant par les enjeux de gouvernance pour la rémunération, la reconnaissance d’un rôle managérial clé et une croissance fulgurante, les CPTS se structurent comme de véritables entreprises de santé publique locales.

L’Accompagnement spécialisé des CPTS par Extencia : Simplification et Expertise

Extencia, à travers son pôle association, propose un soutien dédié aux Communautés Professionnelles Territoriales de Santé (CPTS). Plusieurs raisons majeures justifient de confier la gestion d’une CPTS au cabinet, assurant aux professionnels de santé un accompagnement quotidien simple et efficace.

1. Maîtrise de la gestion financière et budgétaire

Le premier pilier de l’offre d’Extencia concerne la gestion comptable et budgétaire des CPTS. Le cabinet prend en charge la comptabilité et les budgets, en assurant un suivi spécifiquement adapté aux ressources et aux dépenses de chaque structure. Une expertise clé d’Extencia réside dans la maîtrise des budgets prévisionnels et de la comptabilité analytique. Vous êtes entre de bonnes mains !

2. Assistance juridique et gestion de la paie

Le deuxième axe d’accompagnement se concentre sur le plan juridique et social (paie). L’équipe du cabinet est en mesure d’accompagner les CPTS sur différents besoins essentiels, qu’il s’agisse de la rédaction des statuts de l’organisation ou de l’établissement des fiches de paie. Ce soutien est conçu pour répondre aux besoins spécifiques des professionnels de santé à chaque étape.

3. Audit, Certification et Sécurisation des financements

Enfin, la troisième raison de choisir Extencia réside dans la fonction d’audit. Le pôle audit du cabinet joue un rôle crucial en certifiant les comptes de la CPTS. Cette certification permet également de délivrer les attestations nécessaires et requises par les organismes financeurs. L’intervention d’Extencia vise à garantir une gestion simplifiée pour la CPTS, tout en assurant que ses financeurs sont rassurés quant à la bonne utilisation des fonds.

Les CPTS : des structures devenues incontournables pour la santé de demain

Les CPTS incarnent une transformation profonde de notre système de santé : celle d’une organisation plus coordonnée, plus territorialisée et surtout plus responsabilisée. Derrière ces communautés se cachent de véritables micro-entreprises de santé publique, où chaque euro versé doit être justifié, chaque action mesurée, et chaque professionnel impliqué.

Leur financement, loin d’être une simple subvention, traduit une logique de performance et d’engagement collectif. Cette contractualisation, alliée à des budgets désormais conséquents, confère aux CPTS un rôle stratégique dans l’accès aux soins, la prévention et la gestion des crises sanitaires.

Mais cette évolution exige une gouvernance solide, une gestion budgétaire rigoureuse et un accompagnement expert. C’est précisément là qu’intervient Extencia, en apportant aux CPTS un cadre comptable, juridique et financier sécurisé — permettant à leurs coordinateurs et professionnels de santé de se concentrer sur leur mission première : soigner, innover et faire vivre la santé de proximité.

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Contactez nos experts pour un accompagnement sur mesure, alliant rigueur comptable, sécurité juridique et performance organisationnelle.

FAQ – Tout comprendre sur les CPTS

1. Qu’est-ce qu’une CPTS ?
Une CPTS (Communauté Professionnelle Territoriale de Santé) est une organisation qui regroupe différents acteurs de santé (médecins, infirmiers, pharmaciens, kinésithérapeutes, etc.) sur un même territoire. Elle vise à améliorer la coordination des soins, la prévention et l’accès à la santé pour tous.

2. Comment une CPTS est-elle financée ?
Le financement provient de l’Accord Conventionnel Interprofessionnel (ACI), signé avec l’Assurance Maladie. Il comprend un volet fixe, destiné au fonctionnement de la structure, et un volet variable, conditionné à l’atteinte d’objectifs mesurables.

3. Qui peut créer une CPTS ?
Toute initiative locale peut être à l’origine d’une CPTS, à condition qu’elle fédère plusieurs professions de santé et qu’elle définisse un projet de santé validé par l’Agence Régionale de Santé (ARS).

4. Quels sont les montants financiers en jeu ?
Selon la taille du territoire couvert, une CPTS peut percevoir entre 287 500 € et 580 000 € par an. Ces montants financent les missions, la coordination et la rémunération des professionnels impliqués.

5. À quoi servent ces financements ?
Ils permettent de financer le fonctionnement, la prévention, la coordination des parcours patients, mais aussi la réponse aux crises sanitaires et la qualité des soins.

6. Quel est le rôle du coordinateur de CPTS ?
Véritable chef d’orchestre, le coordinateur veille à la cohésion entre les professionnels, au suivi des projets, à la communication et à la bonne exécution du contrat ACI. C’est un poste clé, de plus en plus professionnalisé.

7. Pourquoi faire appel à un expert-comptable pour une CPTS ?
Parce qu’une CPTS est une structure contractuelle complexe, soumise à des obligations financières et juridiques strictes. Extencia accompagne les CPTS dans leur gestion comptable, sociale et budgétaire, et sécurise leurs financements.

8. Comment Extencia peut accompagner ma CPTS ?
Le cabinet propose un accompagnement complet : gestion financière et analytique, assistance juridique et sociale, audit et certification des comptes. Objectif : vous permettre de vous concentrer sur votre mission de santé publique.