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Mis à jour en octobre 2026
Le 15 octobre 2026, une règle discrète du Code de la sécurité sociale bascule. Un arrêt maladie ALD « non exonérante » n’ouvre plus droit qu’à un an d’indemnités journalières, contre trois ans jusqu’ici. Le texte, le décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026, est paru au Journal officiel du 18 septembre. Moins d’un mois sépare sa publication de son application.
Pour un dirigeant, la question est simple : un salarié absent depuis longtemps risque-t-il de perdre ses indemnités, et qu’est-ce que cela change pour l’entreprise ? Réponse courte : oui, si son arrêt relève d’une affection de longue durée non prise en charge à 100 % et qu’il atteint six mois après le 15 octobre. Les ALD exonérantes, les arrêts déjà longs de plus de six mois à cette date et les accidents du travail ne sont pas concernés.
Côté employeur, l’impact se joue ailleurs que sur la fiche de paie du mois : subrogation qui s’arrête, prévoyance à relire, visite de reprise et risque d’inaptitude à anticiper. Voici le décryptage, puis la check-list des dossiers à ouvrir avant le 15 octobre.
🔍 L’article en bref
- 15 octobre 2026 : la durée maximale d’indemnisation d’un arrêt lié à une ALD non exonérante passe de 3 ans à 1 an (décret n° 2026-866).
- ALD exonérante (prise en charge à 100 %) : rien ne change, l’indemnisation reste possible jusqu’à 3 ans.
- Transition : sont visés les arrêts prescrits à partir du 15 octobre et les arrêts en cours qui atteignent 6 mois à compter de cette date.
- Nouvelle période d’un an : le salarié doit avoir repris le travail pendant au moins un an pour la même affection.
- Employeur : le maintien de salaire légal ne compense pas, la prévoyance doit être relue et la subrogation surveillée.
- Arrêts injustifiés : depuis le 19 septembre 2026, l’assuré qui obtient un arrêt sans lien avec son état de santé s’expose à une pénalité financière.
- À faire : repérer les arrêts longs en cours, vérifier les contrats de prévoyance et préparer la reprise ou l’inaptitude.
Arrêt maladie ALD : ce que change le décret du 16 septembre 2026
Jusqu’ici, la règle générale limitait l’indemnisation d’un arrêt maladie ordinaire à 360 indemnités journalières sur trois années consécutives, comme le rappelle l’Assurance maladie. Pour les arrêts longs liés à une affection de longue durée, un régime dérogatoire permettait d’aller jusqu’à trois ans. C’est ce régime dérogatoire que le décret resserre.
ALD exonérante, ALD non exonérante : la distinction qui fait tout
Une ALD exonérante figure aux 3° et 4° de l’article L. 160-14 du Code de la sécurité sociale : les soins liés sont remboursés à 100 %. Une ALD non exonérante est une affection qui impose un arrêt ou des soins de plus de six mois, sans supprimer le ticket modérateur. Elle améliore l’indemnisation de l’arrêt, pas le remboursement des soins.
C’est cette seconde catégorie, souvent méconnue, qui est visée. Sa reconnaissance relève du médecin-conseil de l’Assurance maladie, au cas par cas.
| Situation | Avant le 15 octobre 2026 | À partir du 15 octobre 2026 |
|---|---|---|
| Arrêt maladie ordinaire | 360 IJ sur 3 ans | Inchangé |
| Arrêt lié à une ALD exonérante (100 %) | Jusqu’à 3 ans | Inchangé : jusqu’à 3 ans |
| Arrêt lié à une ALD non exonérante | Jusqu’à 3 ans | 1 an maximum |
| Nouvelle période pour la même affection | Après reprise d’un an | Après reprise d’au moins un an |
| Accident du travail, maladie professionnelle | Régime propre | Non concerné |
Un an d’indemnités, puis un an de travail pour en rouvrir un
Le Code du travail numérique le résume : pour bénéficier d’une nouvelle période d’un an au titre de la même maladie, le salarié doit avoir travaillé au moins un an. Le délai de carence de trois jours et le mode de calcul des indemnités ne bougent pas.
💡 Le savoir-clé : l’employeur ne connaît pas le diagnostic de son salarié, et n’a pas à le demander. Le secret médical s’applique. Ce qui change pour vous se lira dans les relevés d’IJSS, la subrogation et les échanges avec la prévoyance, pas dans l’arrêt lui-même.
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Arrêts en cours : la règle de transition au 15 octobre
Le décret ne s’applique pas qu’aux arrêts futurs. Il vise aussi certains arrêts déjà en cours, ce qui rend le repérage urgent. Selon le texte publié sur Légifrance, la réduction concerne les arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026 et les arrêts en cours à cette date qui atteignent six mois à compter de cette même date.
Les trois cas de figure
- Arrêt prescrit à partir du 15 octobre 2026 pour une ALD non exonérante : un an d’indemnisation au maximum.
- Arrêt en cours au 15 octobre, de moins de six mois à cette date : il bascule dans la nouvelle règle au moment où il atteint six mois.
- Arrêt en cours au 15 octobre, déjà de plus de six mois : l’ancienne règle des trois ans continue de s’appliquer jusqu’à son terme.
Deux exemples datés
Prenons un salarié arrêté le 1er mars 2026 pour une affection reconnue ALD non exonérante. Son arrêt atteint six mois le 1er septembre, avant le 15 octobre : il conserve la durée maximale de trois ans.
Prenons maintenant une salariée arrêtée le 1er juin 2026 dans la même situation. Son arrêt atteint six mois le 1er décembre, après le 15 octobre : sa durée maximale d’indemnisation tombe à un an. Concrètement, ses indemnités pourront s’arrêter au printemps 2027, date exacte à confirmer auprès de la CPAM.
⚠️ Point de vigilance : la date pivot est celle à laquelle l’arrêt atteint six mois, pas celle du premier arrêt prescrit. Un salarié arrêté depuis la mi-avril 2026 se situe pile sur la ligne de partage : vérifiez la date de début exacte sur les avis d’arrêt successifs.
Le précédent article d’Extencia sur le plafonnement de la durée des arrêts de travail détaillait déjà la limitation à un mois de l’arrêt initial. Les deux réformes se cumulent : plus d’avis de prolongation à suivre, et des fins de droits plus rapides pour certains arrêts longs.
Maintien de salaire et prévoyance : qui prend le relais ?
Quand les indemnités journalières s’arrêtent, le salarié perd sa principale ressource. La tentation est de penser que l’employeur ou la prévoyance compenseront. Ce n’est pas automatique.
Le maintien de salaire légal ne couvre pas un arrêt long
Le maintien de salaire légal suppose au moins un an d’ancienneté. Il est versé après sept jours de carence, à 90 % du brut pendant 30 jours puis 66,66 % pendant 30 jours. Ces durées augmentent de 10 jours par tranche de cinq ans d’ancienneté, dans la limite de 90 jours chacune.
Autrement dit, sur un arrêt de plus de six mois, le maintien légal est épuisé depuis longtemps. Il est de plus calculé sous déduction des IJSS et conditionné à leur versement. Votre convention collective peut prévoir mieux : c’est elle qu’il faut relire.
| Étage de protection | Qui paie | Ce qui se passe à la fin des IJSS |
|---|---|---|
| Indemnités journalières (IJSS) | Assurance maladie | Arrêt du versement au bout d’un an (ALD non exonérante) |
| Maintien de salaire légal ou conventionnel | Employeur | Généralement déjà épuisé sur un arrêt long |
| Prévoyance (incapacité, puis invalidité) | Organisme assureur | Dépend de la rédaction du contrat : à vérifier |
| Pension d’invalidité | Assurance maladie | Possible si la capacité de travail est réduite d’au moins deux tiers |
La prévoyance, à relire ligne à ligne
Beaucoup de contrats de prévoyance versent des indemnités « en complément des IJSS ». Si ces dernières s’arrêtent, le contrat peut cesser de payer, continuer sur une base reconstituée ou attendre une décision d’invalidité. Tout dépend de la notice.
✅ Bonne pratique : demandez dès maintenant à votre assureur ou courtier comment le contrat traite une fin d’IJSS liée au décret du 16 septembre 2026. Une réponse écrite vous protège en cas de litige avec le salarié.
Exemple chiffré au plafond
L’indemnité journalière maladie est plafonnée à 42,97 € par jour pour les arrêts prescrits depuis le 1er juillet 2026, selon l’Assurance maladie. Un salarié rémunéré au-delà du plafond perçoit donc environ 15 680 € d’IJSS sur 365 jours.
Sous l’ancienne règle, il pouvait en percevoir trois fois plus sur la durée maximale. Le manque à gagner potentiel, sur deux années non indemnisées, dépasse 31 000 € par salarié au plafond. C’est cet écart que la prévoyance couvrira, ou non.
📊 42,97 € : montant maximal brut d’une indemnité journalière maladie pour les arrêts prescrits depuis le 1er juillet 2026 (source : ameli.fr).
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Fin des indemnités : anticiper l’invalidité et l’inaptitude
Un salarié qui arrive au bout de ses droits ne disparaît pas des effectifs. Son contrat reste suspendu tant qu’il est en arrêt. Trois issues se dessinent, et chacune engage l’entreprise.
Les trois scénarios possibles
- Reprise du travail, éventuellement à temps partiel thérapeutique ou sur un poste aménagé.
- Reconnaissance d’une invalidité par l’Assurance maladie, qui ouvre droit à une pension et, souvent, au relais de la prévoyance.
- Arrêt prolongé sans indemnités, situation la plus difficile pour le salarié, qui accélère souvent une demande de reprise ou une déclaration d’inaptitude.
Visite de reprise, inaptitude et salaire à reprendre
Après un arrêt maladie non professionnel d’au moins 60 jours, la visite de reprise auprès du médecin du travail est obligatoire, le jour de la reprise ou dans les huit jours. Dès 30 jours d’absence, une visite de pré-reprise et un rendez-vous de liaison sont possibles pour préparer le retour.
Si le médecin du travail déclare le salarié inapte, l’employeur doit chercher un reclassement. À défaut de reclassement ou de licenciement dans le délai d’un mois après l’avis, il doit reprendre le versement du salaire. Un départ mal anticipé peut donc coûter cher.
⚠️ Point de vigilance : la fin des IJSS peut pousser un salarié à reprendre plus tôt que prévu. Organisez la visite de reprise sans attendre : un salarié qui reprend sans visite alors qu’elle était obligatoire expose l’entreprise à un contentieux.
Ces situations demandent un pilotage fin du dossier social et juridique. Le service juridique d’Extencia accompagne les procédures d’inaptitude, de la recherche de reclassement à la rupture du contrat.
Arrêts injustifiés et nomadisme médical : la sanction en vigueur depuis le 19 septembre
Le même décret vise aussi les abus. Depuis le 19 septembre 2026, lendemain de sa publication, l’article R. 147-6 du Code de la sécurité sociale permet de sanctionner l’assuré qui obtient un arrêt sans rapport avec son état de santé.
« Prescription d’un arrêt de travail non justifié » — nouveau motif de pénalité inséré dans le Code de la sécurité sociale par le décret n° 2026-866
Ce que vise le texte
La cible est le « nomadisme médical » : multiplier les consultations jusqu’à obtenir un arrêt qu’aucun médecin ne justifierait médicalement. La pénalité est financière et prononcée par la caisse, après une procédure contradictoire avec l’assuré. Ce n’est pas une sanction disciplinaire.
Ce que l’employeur peut faire, et ce qu’il ne peut pas faire
| Vous pouvez | Vous ne pouvez pas |
|---|---|
| Organiser une contre-visite médicale si vous versez un maintien de salaire | Demander le diagnostic ou la nature de l’ALD |
| Signaler un doute à la CPAM | Sanctionner un salarié pour un arrêt médicalement prescrit |
| Vérifier le respect des heures de sortie autorisées | Prononcer vous-même la pénalité prévue par le décret |
💡 Le savoir-clé : la sanction des abus relève de l’Assurance maladie. Côté entreprise, la contre-visite reste l’outil principal : elle peut suspendre le maintien de salaire si l’arrêt n’est pas justifié.
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Check-list : les dossiers à ouvrir avant le 15 octobre
La réforme ne demande pas une refonte de votre paie. Elle demande un repérage précis, dossier par dossier. Voici la liste à dérouler avec votre gestionnaire de paie.
- ☐ Lister tous les arrêts maladie en cours de plus de trois mois, avec leur date de début exacte.
- ☐ Identifier ceux qui atteindront six mois après le 15 octobre : ce sont eux qui peuvent basculer dans la règle d’un an.
- ☐ Contrôler la subrogation : si vous avancez le salaire, surveillez chaque relevé d’IJSS pour ne pas payer sans être remboursé.
- ☐ Relire la convention collective sur le maintien de salaire et les garanties en cas d’arrêt long.
- ☐ Interroger l’assureur prévoyance par écrit sur le traitement d’une fin d’IJSS liée au décret.
- ☐ Informer le salarié, sans évoquer son diagnostic, de l’existence de la réforme et l’inviter à se rapprocher de sa CPAM.
- ☐ Préparer la reprise : rendez-vous de liaison, visite de pré-reprise, aménagement de poste possible.
- ☐ Mettre à jour vos tableaux de suivi des absences avec une alerte à six mois et à douze mois d’arrêt.
| Date | Événement | Action employeur |
|---|---|---|
| 18 septembre 2026 | Publication du décret au Journal officiel | Prendre connaissance du texte |
| 19 septembre 2026 | Sanction des arrêts injustifiés applicable | Aucune action directe : relève de la CPAM |
| 15 octobre 2026 | Durée d’un an pour les ALD non exonérantes | Repérer les arrêts concernés |
| Six mois d’arrêt | Bascule éventuelle dans la règle d’un an | Alerter la paie et la prévoyance |
| Douze mois d’arrêt | Fin possible des IJSS | Préparer reprise, invalidité ou inaptitude |
✅ Bonne pratique : dans une petite structure, un simple tableau partagé avec la date de début, la date des six mois et la date des douze mois suffit à ne rater aucune échéance.
Les secteurs à forte pénibilité, comme le BTP ou la restauration, comptent souvent plus d’arrêts longs liés à des troubles musculo-squelettiques. Le repérage y est d’autant plus utile.
Anticiper la fin des indemnités plutôt que la subir
Le décret du 16 septembre 2026 ne touche qu’une partie des arrêts longs, mais il les touche vite et fort. Pour l’entreprise, l’enjeu n’est pas la paie du mois d’octobre. C’est la gestion des douze mois suivants : subrogation, prévoyance, reprise, inaptitude.
Depuis 1944, Extencia accompagne les dirigeants de TPE et PME dans leur gestion sociale, avec 12 implantations en France. Extencia RH assure la paie, le suivi des arrêts et des IJSS en subrogation, et la revue de vos garanties de prévoyance. En lien avec votre expert-comptable, nous chiffrons l’impact de chaque dossier avant qu’il ne devienne un problème.
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⚠️ Cet article fournit une information générale à jour en octobre 2026 et ne constitue pas un conseil personnalisé. Chaque situation étant particulière, rapprochez-vous de votre expert Extencia.
Questions fréquentes sur l’arrêt maladie ALD
Qu’est-ce qu’une ALD non exonérante ?
Une ALD non exonérante est une affection qui nécessite un arrêt de travail ou des soins d’une durée prévisible supérieure à six mois. Contrairement à une ALD exonérante, elle ne donne pas droit à la prise en charge des soins à 100 %. Son intérêt principal était de prolonger l’indemnisation de l’arrêt au-delà de la limite de 360 indemnités journalières. C’est la reconnaissance par le médecin-conseil de l’Assurance maladie qui fixe la catégorie.
À partir de quand les indemnités sont-elles limitées à un an ?
La limite d’un an s’applique à compter du 15 octobre 2026, en application du décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026. Elle vise les arrêts prescrits à partir de cette date pour une ALD non exonérante. Elle vise aussi les arrêts en cours qui atteignent six mois à compter du 15 octobre. Les arrêts ayant déjà dépassé six mois à cette date conservent la règle des trois ans.
Les ALD exonérantes sont-elles concernées ?
Non. Les affections de longue durée exonérantes, prévues aux 3° et 4° de l’article L. 160-14 du Code de la sécurité sociale, conservent une durée maximale d’indemnisation de trois ans. Ce sont les ALD dont les soins sont pris en charge à 100 %. La réforme ne vise que les ALD dites non exonérantes. Les accidents du travail et maladies professionnelles ne sont pas non plus concernés.
Comment savoir si un salarié est concerné ?
L’employeur ne connaît pas le diagnostic et ne doit pas le demander, en raison du secret médical. Le bon réflexe consiste à repérer les arrêts longs en cours et leur date de début. Les arrêts qui atteindront six mois après le 15 octobre 2026 méritent une attention particulière. Le salarié peut, de son côté, interroger sa CPAM sur sa situation.
L’employeur doit-il compenser la fin des indemnités journalières ?
Non, la loi ne l’impose pas. Le maintien de salaire légal est limité dans le temps, à 90 % puis 66,66 % du brut, et il est généralement épuisé sur un arrêt long. La convention collective ou le contrat de prévoyance peuvent prévoir des garanties plus longues. Il faut donc relire ces textes pour connaître vos obligations exactes.
Que se passe-t-il pour la prévoyance quand les IJSS s’arrêtent ?
Tout dépend de la rédaction du contrat. Certains contrats versent des indemnités en complément des IJSS et peuvent cesser leur versement quand celles-ci s’arrêtent. D’autres reconstituent une base de calcul ou prennent le relais en cas d’invalidité. Une question écrite à l’assureur ou au courtier permet de lever le doute avant qu’un salarié ne soit concerné.
Quelle sanction pour un arrêt de travail injustifié ?
Depuis le 19 septembre 2026, l’article R. 147-6 du Code de la sécurité sociale permet à la caisse d’infliger une pénalité financière à l’assuré qui obtient un arrêt sans lien avec son état de santé. Le texte vise notamment le nomadisme médical, c’est-à-dire la multiplication des consultations pour obtenir un arrêt. Une procédure d’échange préalable avec l’assuré est prévue. Cette sanction relève de l’Assurance maladie, pas de l’employeur.
