Maison de santé pluriprofessionnelle : structurer son projet SISA et décrocher les financements ACI

En 2022, la France comptait 2 251 maisons de santé pluriprofessionnelles ouvertes. L’objectif gouvernemental annoncé en 2024 fixe la barre à 4 000 structures à l’horizon 2027, soit près de 450 ouvertures par an, avec 15 millions d’euros annuels mobilisés pour soutenir la dynamique. Sur le terrain, les équipes médicales se mobilisent — mais une maison de santé pluriprofessionnelle ne se résume pas à un projet de soins. C’est aussi, et avant tout, une entreprise.

Statut juridique dédié, validation par l’Agence Régionale de Santé, financement conventionnel pouvant dépasser 70 000 € par an, fiscalité spécifique, gouvernance entre associés : les questions économiques et structurelles déterminent le succès du projet autant que la dimension médicale. Ce guide passe en revue les quatre piliers d’un projet MSP solide : la SISA, le projet de santé, l’ACI et la fiscalité de la structure.

Maison de santé pluriprofessionnelle : pourquoi le sujet bouge en 2026

Le plan « 4 000 MSP en 2027 » : ce que vise vraiment l’État

La trajectoire est claire et le calendrier serré. Le ministère de la Santé a confirmé l’ambition d’un déploiement accéléré, accompagné d’une enveloppe budgétaire dédiée pour structurer l’ingénierie d’accompagnement régional.

📊 De 943 à 1 747 MSP signataires de l’ACI entre 2019 et 2022 — soit une progression de 85 % en trois ans (source : ameli, DGOS).

Pour les porteurs de projet, cela signifie deux choses. D’abord, les financements et l’accompagnement régional n’ont jamais été aussi accessibles. Ensuite, la concurrence sur les enveloppes existe, et les dossiers les mieux structurés passent en premier.

MSP, CPTS, ESP, CDS : ne pas confondre les structures d’exercice coordonné

L’écosystème de l’exercice coordonné s’est densifié. Avant de monter un projet, il faut savoir précisément quelle case on coche.

La MSP est la seule structure de proximité qui repose obligatoirement sur une société commerciale dédiée — la SISA — dès qu’elle souhaite percevoir des rémunérations collectives de l’Assurance Maladie.

Pourquoi la dimension économique du projet est souvent sous-estimée

Les équipes se lancent en pensant projet médical. Très vite, les questions juridiques, fiscales et de gouvernance arrivent, et les décisions prises dans l’urgence pèsent longtemps : choix entre IR et IS, clé de répartition des ACI, immatriculation, déclarations sociales individuelles. Ces choix sont structurants et difficilement réversibles.

Une MSP qui touche 50 000 € d’ACI par an, c’est 250 000 € sur cinq ans. Ce sont aussi des cotisations sociales, des déclarations fiscales individuelles et une gouvernance à piloter chaque année. La SISA n’est pas une formalité — c’est une véritable société à animer.

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La SISA, colonne vertébrale juridique de votre MSP

Le cadre légal : loi de 2011 et décret de 2012

La Société Interprofessionnelle de Soins Ambulatoires a été créée par la loi du 10 août 2011, codifiée aux articles L. 4041-1 et suivants du Code de la santé publique. Son décret d’application — le décret n° 2012-407 du 23 mars 2012 — a précisé les mentions obligatoires des statuts et le périmètre des activités autorisées.

Juridiquement, la SISA est une société civile régie par les articles 1832 et suivants du Code civil, doublée d’un régime spécifique sectoriel. Elle dispose d’un capital social variable et d’une responsabilité illimitée des associés à l’égard des dettes sociales — à proportion de leurs parts.

Qui peut être associé : composition minimale et règles d’ouverture

La règle d’admission est précise et conditionne la validité même de la SISA :

• Au minimum deux médecins (médecine générale ou spécialités)
• Au moins un professionnel paramédical (infirmier, masseur-kinésithérapeute, orthophoniste, pédicure-podologue, etc.) ou pharmacien
• Tous les associés doivent être des personnes physiques exerçant une profession médicale, paramédicale ou de pharmacien

La SISA est strictement réservée aux professionnels de santé en exercice. Aucun investisseur extérieur, aucune holding patrimoniale, aucun conjoint non professionnel ne peut entrer au capital. Toute clause statutaire qui tenterait de contourner cette règle exposerait la société à la nullité.

Les mentions obligatoires des statuts à ne pas oublier

Le décret du 23 mars 2012 impose un socle de mentions sans lequel les statuts ne sont pas opposables :

• [ ] Nom, prénom, domicile de chaque associé personne physique
• [ ] Forme, objet, appellation et durée de la société
• [ ] Adresse du siège social
• [ ] Numéro d’inscription à l’ordre professionnel pour chaque associé concerné
• [ ] Profession exercée, titres et spécialités
• [ ] Nature et évaluation distincte de chaque apport
• [ ] Montant du capital, nombre et valeur nominale des parts, répartition entre associés
• [ ] Affirmation de la libération totale ou partielle des apports

À cela s’ajoutent les clauses contractuelles habituelles : modalités d’agrément des nouveaux entrants, conditions de retrait, gouvernance, répartition des bénéfices et notamment des rémunérations ACI.

Objet social : ce que la SISA peut (et ne peut pas) facturer

L’objet social est borné par la loi. Une SISA peut exercer trois activités, et trois seulement :

✅ Périmètre légal de la SISA

1. Coordination thérapeutique — toute procédure visant à améliorer la qualité de la prise en charge et la cohérence du parcours de soin.
2. Éducation thérapeutique du patient au sens de la loi HPST.
3. Coopération entre professionnels de santé au sens des articles L. 4011-1 et suivants du Code de la santé publique.

Toute facturation hors de ce périmètre — location de matériel à des tiers, prestations de conseil, activités commerciales — sort de l’objet social et expose à un risque fiscal sérieux, notamment une bascule à l’IS de plein droit pour activité commerciale prépondérante.

Le projet de santé : la clé qui débloque l’ARS

Les 8 thématiques obligatoires du projet de santé

Avant même la SISA, l’ARS attend un document structurant : le projet de santé. C’est lui qui valide l’identité médicale du collectif, et conditionne tout le reste — y compris la signature de l’ACI plus tard. Huit thématiques doivent être traitées :

📊 Validation tacite à 2 mois — sans retour de l’ARS dans ce délai, le projet de santé est réputé validé. Cette mécanique pousse les agences à instruire vite, mais expose les porteurs de projet à une validation par défaut moins solide qu’une validation explicite.

Lettre d’intention, instruction, validation : le tunnel ARS

Le parcours suit une logique entonnoir, balisée par les Portails d’Accompagnement des Professionnels de Santé (PAPS) régionaux :

1. Prise de contact avec la délégation départementale de l’ARS
2. Lettre d’intention — exposé synthétique du projet, équipe initiale, territoire
3. Passage en commission de coordination de l’offre de proximité départementale
4. Élaboration du projet de santé, souvent avec l’appui d’une structure ressource (URPS, fédération régionale)
5. Dépôt et instruction par l’ARS — validation explicite ou tacite à 2 mois
6. Constitution de la SISA (statuts, capital, immatriculation au RCS)
7. Signature du contrat tripartite ACI entre la SISA, l’ARS et la CPAM

La plateforme « Ma Démarche Santé » en pratique

Depuis 2023, le dépôt et l’instruction des dossiers passent par l’outil national des ARS, Ma Démarche Santé. Cette plateforme centralise les financements issus du Fonds d’Intervention Régional (FIR) et trace l’avancement de chaque dossier. C’est sur cet outil que se déposent à la fois le projet de santé et les demandes de subventions d’amorçage.

Le FIR peut financer une partie des coûts d’ingénierie et d’amorçage (jusqu’à plusieurs dizaines de milliers d’euros selon les régions et la taille de l’équipe). Ces aides sont distinctes de l’ACI, qui ne se déclenche qu’après ouverture et signature du contrat.

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Décrocher l’ACI : montants, indicateurs et stratégie

L’accord conventionnel interprofessionnel est le financement structurant des MSP. Signé entre l’Union nationale des caisses d’assurance maladie, l’Union nationale des organisations représentatives des professionnels de santé et les fédérations de MSP, il a été consolidé par l’avenant 1 publié au Journal officiel le 3 août 2022.

Les 3 axes et les 13 indicateurs : la cartographie 2026

La rémunération forfaitaire repose sur trois axes, eux-mêmes déclinés en 13 indicateurs classés en trois catégories : prérequis socle, socles, optionnels.

Les trois indicateurs prérequis socle sont obligatoires pour percevoir le moindre euro d’ACI. Sans eux, pas de signature. Les socles déterminent ensuite le tronc commun de rémunération, et les optionnels viennent gonfler l’enveloppe pour les équipes structurées.

Du prérequis à l’optionnel : où concentrer les efforts

Toutes les MSP n’ont pas la même stratégie. Voici trois logiques que l’on observe sur le terrain :

• MSP en démarrage : sécuriser absolument les trois prérequis socle, viser les socles « concertation pluripro » et « protocoles » dès la première année, ignorer les optionnels.
• MSP en croisière (année 2 à 3) : activer le SI niveau avancé, structurer un parcours patient (insuffisance cardiaque ou obésité enfant), formaliser une mission de santé publique.
• MSP mature (année 4+) : optimiser les indicateurs variables (taille de patientèle, diversité des professions), automatiser le reporting annuel.

Cartographier les 13 indicateurs dès le projet de santé : cela impose un alignement entre la promesse faite à l’ARS et la mécanique financière à venir. Les MSP qui dissocient les deux exercices se retrouvent souvent à reconstruire leur organisation pour aller chercher l’ACI deux ans plus tard.

Du montant minimum aux 70 000 € : la mécanique de points

Le système est piloté par des points, valorisés à 7 € l’unité. L’atteinte de chaque indicateur déclenche l’attribution d’un nombre de points fixe ou variable (selon la taille de la patientèle médecin traitant déclarée).

📊 Mécanique financière de l’ACI

• Montant minimum : 20 000 € par an pour une MSP ayant les prérequis socle.
• Avance versée en cours d’année : 60 % du forfait estimé, soit au moins 12 000 €.
• Solde : versé au bilan annuel selon l’atteinte effective des indicateurs.
• Plafond observé sur des MSP matures : plus de 70 000 € par an.

La déclaration annuelle se fait via l’espace pro Ameli, avant le 15 mars de l’année N+1 pour l’exercice N. La régularisation intervient ensuite, et c’est à ce moment-là que les écarts entre objectifs déclarés et réalisations se traduisent en gains ou en réfactions.

L’ACI est une rémunération de l’équipe, versée à la SISA, et non un revenu individuel direct. Sa fiscalisation et sa répartition entre associés relèvent de décisions à prendre collectivement et à formaliser — ce qui nous amène au volet fiscal.

Fiscalité de la SISA : IR par défaut, IS sur option, les bonnes questions à se poser

Le régime des sociétés de personnes : BNC, BIC, comment ça se déclare

Par défaut, la SISA relève du régime fiscal des sociétés de personnes (article 8 du CGI). Elle n’est pas elle-même imposée sur ses bénéfices : ceux-ci sont fiscalement répartis entre les associés à proportion de leurs droits dans la société, puis taxés au niveau de chacun.

La quote-part transitant par la SISA s’ajoute aux revenus de l’exercice libéral individuel et est soumise aux mêmes cotisations sociales (URSSAF, CARPIMKO, CARMF selon la profession). Ce point est crucial : les cotisations sociales sont calculées sur la totalité, y compris la part ACI redistribuée.

L’option IS depuis 2017 : dans quels cas elle change la donne

Depuis l’article 102 de la loi n° 2016-1918 du 29 décembre 2016, la SISA peut opter pour l’impôt sur les sociétés dans les conditions de l’article 239 du CGI. L’option est irrévocable pendant cinq ans, puis tacitement reconduite.

L’option IS devient intéressante dans plusieurs cas :

• Mise en réserve significative des résultats pour financer l’équipement, les locaux, l’embauche d’un coordinateur salarié
• Effacement de l’imposition immédiate des associés qui ne distribuent pas la totalité du résultat
• Lissage des revenus pour des associés à très forte tranche marginale

L’option IS suppose une logique d’entreprise au-delà de la simple redistribution. Si l’équipe se contente de répartir l’ACI chaque année entre associés, l’IR reste le choix le plus simple et le plus économique. Le calcul mérite d’être posé à plat avant de signer les statuts.

TVA, cotisations sociales sur les ACI : les angles morts

Trois sujets sont fréquemment oubliés au moment du montage :

1. TVA — Les prestations de soins effectuées par les professionnels de santé sont exonérées (article 261-4-1° du CGI). La SISA elle-même bénéficie de l’exonération sur ses activités relevant de l’objet légal. Mais si elle facture d’autres prestations à des tiers (location, conseil), elle peut basculer dans le champ TVA — avec assujettissement et obligations déclaratives.
2. Cotisations sociales sur les ACI redistribués — Les sommes redistribuées aux associés intègrent l’assiette de cotisations URSSAF / caisse de retraite professionnelle, exactement comme le reste du BNC ou BIC. La position de la Cour de cassation et des Urssaf est claire sur ce point.
3. CFE et CVAE — La SISA peut être redevable de la cotisation foncière des entreprises sur ses locaux, selon la commune d’implantation. À anticiper dans le budget prévisionnel.

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Gouvernance et répartition : faire vivre la SISA dans la durée

Voter la répartition des ACI en assemblée générale

Le forfait ACI est versé à la SISA. Il appartient à l’assemblée générale ordinaire annuelle de décider de sa répartition entre les associés. Par défaut, la répartition suit les droits dans le capital. En pratique, les équipes adoptent souvent une clé pondérée par le temps consacré aux activités collectives : participation aux réunions de concertation, animation des protocoles, fonction de coordination, suivi du système d’information.

Formaliser une grille de pondération votée chaque année en AG. Cela évite les tensions, sécurise la position vis-à-vis d’un éventuel contrôle Urssaf, et clarifie ce qui revient à chacun. Quelques MSP poussent la logique jusqu’à tenir une comptabilité analytique par associé.

Anticiper les départs, arrivées et changements de profession

La vie d’une MSP, c’est aussi des entrées et des sorties. Les statuts doivent prévoir :

• La procédure d’agrément des nouveaux associés (majorité requise, conditions)
• Les modalités de retrait — délai de préavis, modalités de rachat des parts
• Le traitement du cas où un associé cesse son activité ou change de profession
• La transmission des parts en cas de décès

« Les MSP les plus solides sont celles qui ont anticipé dans leurs statuts ce que personne n’avait envie d’écrire au démarrage : les départs, les conflits, les changements de gouvernance. » — Retour d’expérience cabinet Extencia, accompagnement MSP Nouvelle-Aquitaine

Les outils de pilotage économique à mettre en place

Une SISA qui tourne, c’est :

• Un plan de trésorerie annuel intégrant les avances ACI et les dépenses fixes (loyers, coordinateur, logiciel partagé, formation)
• Un tableau de bord des 13 indicateurs ACI avec point trimestriel
• Une comptabilité tenue rigoureusement, distinguant les flux liés à l’objet légal et les flux annexes
• Un bilan annuel partagé en AG, avec arbitrage sur la mise en réserve éventuelle et la répartition

En résumé pour cette section :

• L’ACI est versé à la SISA, pas aux individus
• La répartition se vote chaque année en AG
• Les statuts doivent anticiper les mouvements d’associés
• Le pilotage économique annuel sécurise la pérennité du projet

Faire de votre MSP un projet économiquement maîtrisé

Une maison de santé pluriprofessionnelle réussie repose sur quatre fondations à traiter en parallèle : un projet de santé qui répond aux attentes de l’ARS, une SISA dont les statuts protègent l’équipe sur la durée, un ACI dont les 13 indicateurs sont activés méthodiquement, et une fiscalité arbitrée en connaissance de cause entre IR et IS.

Extencia accompagne depuis 80 ans les professionnels de santé sur l’ensemble de ces dimensions. Nos experts dédiés à la santé, présents à Bordeaux, Lyon, Toulouse, Anglet et dans l’ensemble de nos 12 implantations, structurent votre projet juridique, fiscal et financier, et restent à vos côtés une fois la MSP en activité — du dépôt du projet de santé à la déclaration annuelle des indicateurs ACI.

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Questions fréquentes

Quelle est la composition minimale d’une SISA ?

Une SISA doit obligatoirement réunir au minimum deux médecins et un professionnel paramédical (infirmier, masseur-kinésithérapeute, orthophoniste, pédicure-podologue) ou pharmacien. Tous les associés doivent être des personnes physiques exerçant effectivement une profession de santé. Aucun investisseur extérieur, conjoint non professionnel ou personne morale ne peut entrer au capital. Cette règle conditionne la validité même de la société et son éligibilité à l’ACI.

Quel est le montant moyen de l’ACI versé à une maison de santé ?

Le montant minimum garanti aux MSP ayant validé les trois prérequis socle est de 20 000 € par an. Une avance de 60 % est versée en cours d’année (minimum 12 000 €), et le solde est régularisé au bilan annuel selon l’atteinte effective des indicateurs. Les MSP matures atteignent fréquemment 40 000 à 70 000 € par an, voire davantage selon la taille de la patientèle médecin traitant déclarée et le nombre d’indicateurs optionnels activés. Chaque point est valorisé à 7 €.

La SISA est-elle obligatoirement imposée à l’impôt sur le revenu ?

Par défaut, oui : la SISA relève du régime des sociétés de personnes (article 8 du CGI), avec imposition au niveau de chaque associé selon sa quote-part — en BNC pour la plupart des professions de santé, en BIC pour les pharmaciens. Depuis l’article 102 de la loi du 29 décembre 2016, la SISA peut toutefois opter pour l’impôt sur les sociétés. L’option est irrévocable pendant cinq ans. Elle devient pertinente lorsque l’équipe souhaite mettre une part significative du résultat en réserve pour financer ses investissements.

Quelle différence entre une MSP et une CPTS ?

La maison de santé pluriprofessionnelle est une équipe de soins primaires regroupée sur un site (ou multisite), avec une structure juridique dédiée (la SISA) et un projet de santé centré sur sa patientèle. La communauté professionnelle territoriale de santé est une structure de coordination à l’échelle d’un territoire entier, regroupant plusieurs cabinets, MSP, établissements hospitaliers et acteurs médico-sociaux, le plus souvent sous forme d’association loi 1901. Une MSP peut adhérer à une CPTS, les deux dispositifs ne sont pas exclusifs et reposent sur des accords conventionnels distincts.

Combien de temps faut-il pour créer une MSP de A à Z ?

Le délai moyen observé est de 18 à 30 mois entre la lettre d’intention initiale et la signature du contrat ACI. Cette durée se décompose schématiquement : 3 à 6 mois pour la lettre d’intention et la commission de coordination, 6 à 12 mois pour l’élaboration du projet de santé, 2 mois pour la validation ARS (tacite ou explicite), 3 à 6 mois pour la constitution juridique de la SISA et l’aménagement des locaux, puis 1 à 2 mois pour la contractualisation ACI. Les projets bien accompagnés en amont gagnent souvent 6 à 12 mois sur l’ensemble du parcours.

Les rémunérations ACI sont-elles soumises aux cotisations sociales ?

Oui. Les sommes que la SISA redistribue à ses associés au titre de l’ACI s’ajoutent à leurs bénéfices BNC ou BIC et entrent dans l’assiette des cotisations URSSAF et des caisses de retraite professionnelles (CARMF pour les médecins, CARPIMKO pour les paramédicaux, CAVP pour les pharmaciens). Cette position est confirmée par la jurisprudence sociale. Le revenu net après cotisations est donc significativement inférieur au montant brut versé par la CPAM à la SISA.

Qui peut accompagner un projet de MSP sur le volet économique et juridique ?

L’accompagnement d’un projet MSP fait intervenir plusieurs acteurs : l’ARS et son réseau PAPS pour le projet de santé, les URPS pour l’ingénierie médicale, un avocat ou notaire pour la rédaction des statuts SISA, et un expert-comptable pour le montage économique global, l’arbitrage IR/IS, le plan de trésorerie, la gouvernance financière et la fiscalité individuelle des associés. Un expert-comptable spécialisé professions de santé est la pièce maîtresse pour articuler ces dimensions et sécuriser la pérennité économique du projet.