La France généralise progressivement la facturation électronique à l’ensemble des acteurs économiques. Cette réforme, initialement déployée en 2017 via Chorus Pro pour les transactions avec le secteur public, s’étend désormais aux échanges entre professionnels.
Pour les médecins libéraux et paramédicaux, cette évolution représente un changement significatif dans la gestion administrative quotidienne. Si certaines spécificités du secteur médical offrent des exemptions partielles, cette réforme implique néanmoins de nouvelles obligations et procédures.
Ce guide détaille en 7 étapes concrètes comment les professionnels de santé peuvent s’adapter efficacement à cette transformation numérique, tout en tirant parti des avantages qu’elle procure.
1. Comprendre le cadre légal de la réforme
Origine et objectifs de la réforme
La facturation électronique s’inscrit dans une stratégie nationale de modernisation des échanges économiques. Cette initiative poursuit quatre objectifs principaux :
- Lutter contre la fraude à la TVA (estimée entre 15 et 20 milliards d’euros annuels)
- Faciliter les déclarations fiscales
- Réduire les coûts et délais de paiement
- Améliorer la connaissance en temps réel de l’activité économique française
Textes juridiques de référence
La réforme s’appuie principalement sur :
- L’ordonnance n° 2021-1190 du 15 septembre 2021
- Les articles 289, 289 bis, 290 et 290 A du Code Général des Impôts
- La loi de finances rectificative pour 2022 (n°2022-1157 du 16 août 2022)
Ces textes définissent les obligations des assujettis, les modalités de transmission et le calendrier de mise en œuvre.
Calendrier de mise en œuvre
La réforme se déploie progressivement selon deux échéances clés :
| Date | Obligation |
|---|---|
| 1er septembre 2026 | Obligation de recevoir des factures électroniques et choix d’une plateforme (PPF ou PDP) |
| 1er septembre 2027 | Obligation d’émettre des factures au format électronique et de transmettre les données de facturation et de transaction à l’administration fiscale |
Ce délai d’un an entre l’obligation de réception et d’émission permet une transition progressive vers la dématérialisation complète.
2. Identifier votre situation vis-à-vis de la facturation électronique
La spécificité du secteur médical réside dans la diversité des régimes fiscaux applicables selon la nature des actes pratiqués.
Cas des actes exonérés de TVA (article 261-4 du CGI)
Bonne nouvelle: la majorité des actes médicaux sont exonérés de TVA en vertu de l’article 261-4 du CGI. Pour ces opérations, vous n’avez aucune obligation en termes de facturation électronique ou de transmission de données.
Concrètement, les consultations, actes techniques ou chirurgicaux inscrits à la nomenclature ne sont pas concernés par la réforme. Vous conservez vos modalités actuelles de facturation pour ces prestations.
Cas des actes hors nomenclature
Pour les actes hors nomenclature soumis à TVA, deux situations se présentent :
- Patient entreprise (personne morale assujettie): Vous devrez éditer une facture au format normé (Factur-X, UBL ou CII) et la transmettre via une plateforme de dématérialisation partenaire (PDP).
- Patient particulier: Pas d’obligation quant au format et à l’envoi de la facture, mais déclaration obligatoire des données de transaction à l’administration fiscale (e-reporting).
Différence entre e-invoicing et e-reporting
Il est essentiel de distinguer deux concepts clés :
- E-invoicing (facturation électronique): Concerne l’émission et la réception de factures électroniques normées entre professionnels assujettis à la TVA établis en France.
- E-reporting (transmission des données): Obligation de transmettre à l’administration fiscale les données relatives aux transactions avec des particuliers ou des entreprises étrangères, ainsi que les données de paiement pour certaines prestations de services.
Le professionnel de santé peut avoir différentes obligations selon le type d’acte pratiqué et le statut du patient. Cette configuration hybride nécessite une organisation adaptée.
3. Anticiper les changements dans votre organisation
Impact sur le quotidien du cabinet
La transition vers la facturation électronique modifie plusieurs aspects de votre fonctionnement quotidien :
- Gestion des factures fournisseurs: Réception exclusivement sur votre plateforme choisie
- Circuit de validation: Dématérialisation des processus d’approbation
- Classement et archivage: Passage d’un système papier à un système numérique
- Relations avec votre expert-comptable: Transmission automatisée des pièces comptables
Réorganisation administrative
Pour une transition réussie :
- Recensez tous vos flux de facturation (entrants et sortants)
- Identifiez les actes concernés par la réforme et leur volume
- Évaluez la compatibilité de vos logiciels actuels
- Déterminez les besoins en formation du personnel
- Anticipez les changements dans vos relations avec vos patients et fournisseurs
Formation du personnel
Prévoyez des sessions de formation pour :
- Comprendre les nouvelles obligations légales
- Maîtriser les nouveaux outils (plateforme, logiciels)
- Intégrer les nouvelles procédures dans le quotidien
- Savoir répondre aux questions des patients
4. Sélectionner la bonne plateforme de dématérialisation
L’une des décisions cruciales concerne le choix de votre plateforme de réception et d’émission des factures électroniques.
Critères de choix d’une PDP
Pour sélectionner la Plateforme de Dématérialisation Partenaire la plus adaptée, évaluez :
- Facilité d’utilisation: Interface intuitive, accessibilité mobile
- Compatibilité: Interopérabilité avec vos logiciels métiers (gestion de cabinet, comptabilité)
- Sécurité: Certification ISO 27001, conformité RGPD, authentification renforcée
- Fonctionnalités: Gestion du cycle de vie des factures, conservation légale, services additionnels
- Support: Qualité de l’accompagnement, formation, assistance technique
- Coût: Tarification adaptée à votre volume de factures
Comparaison PDP/PPF
Deux options s’offrent à vous :
| Critère | Plateforme de Dématérialisation Partenaire (PDP) | Portail Public de Facturation (PPF) |
|---|---|---|
| Nature | Plateforme privée, payante | Plateforme publique, gratuite |
| Services | Nombreux services additionnels | Fonctionnalités basiques |
| Personnalisation | Adaptée aux spécificités métiers | Solution standardisée |
| Intégration | Potentiellement meilleure avec vos logiciels | Intégration limitée |
Les professionnels de santé privilégient généralement une PDP pour sa richesse fonctionnelle.
Interopérabilité avec vos logiciels actuels
Vérifiez particulièrement :
- La capacité d’intégration avec votre logiciel métier de cabinet médical
- Les possibilités d’échange automatisé avec votre expert-comptable
- La compatibilité avec votre système de facturation actuel
- L’évolutivité de la solution face aux futures mises à jour réglementaires
5. Adapter vos outils et procédures
La transition vers la facturation électronique implique des adaptations techniques et organisationnelles.
Mise à jour des logiciels de facturation
Pour les actes hors nomenclature soumis à TVA, vous devrez :
- Vérifier que votre logiciel peut générer des factures aux formats normés (Factur-X, UBL, CII)
- S’assurer qu’il permet la transmission automatique vers votre PDP
- Mettre en place les fonctionnalités d’e-reporting pour les actes facturés aux particuliers
Certains éditeurs proposeront des mises à jour de leurs solutions existantes, tandis que d’autres nécessiteront l’acquisition de modules complémentaires.
Automatisation des processus
L’automatisation représente l’un des principaux bénéfices de cette réforme:
- Réception des factures : Centralisation sur une plateforme unique
- Validation : Workflows électroniques paramétrables
- Transmission comptable : Envoi automatisé à votre expert-comptable
- Archivage : Classement automatique selon vos règles
Configurez ces automatismes dès l’implémentation pour maximiser les gains d’efficacité.
Conservation numérique des documents
La facturation électronique modifie les modalités de conservation des documents comptables:
- Conservation obligatoire pendant 10 ans (durée légale)
- Garantie de l’authenticité, de l’intégrité et de la lisibilité des documents
- Choix entre conservation par votre PDP ou sur vos propres systèmes
Pour optimiser cette gestion, définissez une politique d’archivage numérique cohérente avec l’ensemble de vos documents de cabinet.
6. Tirer parti des avantages de la facturation électronique
Au-delà des obligations légales, la facturation électronique offre des opportunités pour optimiser votre gestion.
Gain de temps et optimisation des flux
La dématérialisation permet :
- 45% de réduction du temps consacré au traitement des factures, selon une étude de l’Ordre des Experts-Comptables
- Élimination des tâches manuelles (saisie, classement, envoi postal)
- Réduction des erreurs de traitement
- Accessibilité immédiate aux documents depuis n’importe quel appareil connecté
Ce temps gagné peut être réinvesti dans votre cœur de métier: le soin aux patients.
Réduction des coûts administratifs
Les économies réalisées sont substantielles :
- Coût moyen d’une facture papier: 10€ à 15€ (émission et réception)
- Coût moyen d’une facture électronique: 1,5€
- Économies sur les consommables (papier, encre, enveloppes)
- Réduction des frais d’affranchissement et d’archivage physique
Pour un cabinet émettant 100 factures mensuelles, l’économie annuelle peut atteindre plusieurs milliers d’euros.
Traçabilité et sécurisation des échanges
La facturation électronique renforce :
- La traçabilité complète des échanges (horodatage, suivi des statuts)
- La sécurisation des données (authentification, chiffrement)
- La conformité réglementaire automatisée
- La réduction des litiges grâce à des preuves numériques incontestables
“La facturation électronique n’est pas qu’une contrainte réglementaire, c’est une opportunité de modernisation qui profite directement à la gestion quotidienne de votre cabinet.”
7. S’appuyer sur votre expert-comptable
Votre expert-comptable Extencia joue un rôle crucial dans cette transition digitale.
Rôle de l’expert-comptable dans la transition
L’expert-comptable vous accompagne pour :
- Analyser votre situation spécifique face à la réforme
- Évaluer l’impact sur votre organisation
- Recommander les solutions techniques adaptées
- Former votre équipe aux nouvelles procédures
- Assurer le suivi de la conformité réglementaire
Services d’accompagnement proposés par Extencia
Le cabinet Extencia propose un accompagnement global :
- Diagnostic personnalisé de votre situation vis-à-vis de la facturation électronique
- Assistance au choix de la plateforme adaptée à votre activité
- Formation de votre personnel aux nouveaux outils
- Définition des processus optimisés de gestion documentaire
- Suivi de conformité pour garantir le respect des obligations légales
- Optimisation fiscale liée à votre activité spécifique
Conseils personnalisés pour votre situation
Chaque cabinet médical présente des particularités. Nos experts vous proposent :
- Une analyse de votre mix d’activité (actes conventionnés/non conventionnés)
- Des recommandations adaptées à votre volume de facturation
- Des solutions spécifiques pour vos éventuels regroupements professionnels
- Un planning de déploiement cohérent avec vos contraintes d’activité
Envie d’anticiper sereinement la réforme de la facturation électronique ? Nos équipes spécialisées dans les professions médicales sont à votre disposition pour un premier diagnostic personnalisé.
Pour aller plus loin, contactez-nous …
La transition vers la facturation électronique représente un tournant majeur pour les professionnels de santé, mais ses enjeux varient considérablement selon la nature de votre activité.
Les actes conventionnés exonérés de TVA restent largement épargnés par cette réforme, tandis que les actes hors nomenclature nécessiteront une adaptation plus importante de vos processus.
Dans tous les cas, l’échéance du 1er septembre 2026 pour la réception des factures électroniques approche rapidement. Se préparer dès maintenant garantit une transition maîtrisée et permet de tirer pleinement parti des avantages de la dématérialisation.
Transformez une contrainte réglementaire en avantage stratégique ! Nos experts Extencia vous accompagnent pour optimiser vos processus administratifs et vous permettre de vous recentrer sur votre cœur de métier.
